La pareja de guerrilleros defendió a sangre y fuego del avance español la zona comprendida entre el norte de Chuquisaca y las selvas de Santa Cruz de la Sierra. El sistema de combate y gobierno conocido como el de las “republiquetas” consistía en la formación, en las zonas liberadas, de centros autónomos a cargo de un jefe político–militar. Hubo ciento dos caudillos que comandaron igual número de republiquetas. La crueldad de la lucha fue tal que sólo sobrevivieron nueve. Quedaron en el camino jefes notables, de un coraje proverbial. Entre ellos hay que nombrar a Ignacio Warnes, Vicente Camargo, al cura Idelfonso Muñecas y al propio Padilla.
Los Padilla lo perdieron todo, su casa, su tierra y sus hijos en medio de la lucha. No tenían nada más que su dignidad, su coraje y la firme voluntad revolucionaria. Por eso, cuando estaban en la más absoluta miseria y un jefe español intentó sobornar a su marido, Juana le contestó enfurecida: “La propuesta de dinero y otros intereses sólo debería hacerse a los infames que pelean por su esclavitud, más no a los que defendían su dulce libertad, como él lo haría a sangre y fuego”.
Juana fue una estrecha colaboradora de Güemes y por su coraje fue investida del grado de teniente coronel con el uso de uniforme, según un decreto firmado por el director supremo Pueyrredón el 13 de agosto de 1816 y que hizo efectivo el general Belgrano al entregarle el sable correspondiente.
Tres meses después, en la batalla de Viloma fue herida por los realistas. Su marido acudió en su rescate y logró liberarla, pero a costa de ser herido de muerte. Era el 14 de noviembre de 1816. Juana se quedaba sin su compañero y el Alto Perú sin uno de sus jefes más valientes y brillantes
