La Prefectura es la Autoridad Marítima Argentina por antonomasia, conforme lo consagra la Ley General 18.398, la Ley de la Navegación 20.094 y la nutrida legislación que en forma coincidente define el amplio y homogéneo perfil de sus competencias.

Asimismo lo es, y en virtud de su tradición histórica y funcional, inalterable a través del tiempo, que la identifica como el órgano a través del cual el Estado ejerce la policía de seguridad de la navegación y de la seguridad y el orden público en las aguas de jurisdicción nacional y en los puertos.

Además es órgano de aplicación de los convenios internacionales relativos a la seguridad de la vida humana en el mar, la prevención y la lucha contra la contaminación y las materias técnicas y jurídicas relacionadas, conforme lo establecen las leyes de aceptación del país.

También cumple funciones en ejercicio de las obligaciones del país como Estado de Abanderamiento y Estado Rector del Puerto, para el registro de los buques y el control de sus condiciones de seguridad, según las leyes y reglamentaciones que le asignan estas competencias y los acuerdos internacionales respectivos.